O que se sabe da história inicial do convento é pouco e incerto. As fontes mais antigas colocam-no entre o século XI e XII. No entanto, pouco nos chegou dessa época.
Parte do edifício que chegou até nós pode ser recuado a uma campanha quinhentista, na qual se incluem o claustro e a torre, embora esta última seja de construção posterior, mas com vãos manuelinos integrados (GONÇALVES, NOGUEIRA, 1953), sendo que o claustro junto à igreja apresenta lanços manuelinos a Nascente e os restantes são posteriores.
Diz a mesma fonte que também a igreja foi remodelada no decorrer da centúria de Setecentos, ainda que conserve parte do seu equipamento original, como a pia de água benta, o púlpito com mísula manuelina e alguma imaginária. O retábulo-mor é característico do final do século XVII, e na nave o teto é apainelado.
A fachada da igreja, de pano único limitado por pilastras rematadas por pináculos, é marcada pela abertura do portal, de verga curva, encimado por cornija saliente onde se inscrevem as armas de São Pedro, a quem o templo é dedicado. O janelão do coro é octogonal e o alçado termina em empena. À direita ergue-se a torre sineira e no mesmo plano o alçado do mosteiro antecedido por escadaria de lanços convergentes.
O Mosteiro de Folques bem como o recheio artístico e quinta estão classificados como Imóvel de Interesse Público (IIP) pelo Decreto n.º 5/2002, DR, I Série-B. n.º 42, de 19-02-2002.
